在技术上，各型生态厕所中最有发展前景的免水生物降解型生态厕所的专用菌种目前还依赖进口，所以，我们还需投入大量的研发力量和资金选育具有自主知识产权的菌种。不掌握这一核心技术，该型生态厕所的建设投资和使用成本就难以下降；无水打包型厕所使用的塑料袋在后处理中会引起二次污染。所以应使用可降解包装袋。
在向社会推广中，由于造价过高，一个环保厕所的市场售价达到几十万人民币，这不是一般的城市所能够承受得起的。另一个就是如何使环保厕所家庭化的问题。现在市场上所能见到的环保厕所基本上都是面对公共场合的，没见到家用的环保厕所。
由于环保型厕所起步较晚，现在基本只在城市公厕及旅游业中使用，而农村卫生厕所普及率仅7.5﹪，散落露天的旱厕粪缸导致环境污染。所以，农村地区要大力发展农村户用沼气，改造农户厕所，实现人畜粪便资源化利用，统一修建生活污水和粪便进行无害化处理，减少直接排放。
综上所述，为了建立一个完善的环保厕所体系，就需要跨学科合作。不仅要求卫生系统，而且城市规划、农业、灌溉管理、经济学、社会学和公众健康等领域都需要密切配合，这也是下一阶段发展环保厕所体系所要完成工作的主要内容。
根据发展现状，环保厕所粪污处理设施的进一步开发与研究应着重于以下几个方面：
①筛选高效廉价的生物菌种及配套的生物载体材料。
②研究适合优势菌的简易高效的短流程生物处理工艺。
③稳定可靠的电气系统及控制系统。
虽然目前环保厕所的发展趋势比较强劲，前景也比较广阔，但是环保厕所还存在着诸多的不足和问题。比如说造价过高，一个环保厕所的市场售价达到几十万人民币，这不是一般的城市能够承受得起的。另外一个就是如何使环保厕所家庭化的问题。现在市场上所能见到的环保厕所基本上都是面对公共场合的，记者在采访中走过几个厂家几乎没见到家用的环保厕所。此外个别产品在节水或冲洗技术上还存在一些问题。但是随着社会的不断发展进步，通过科研人员的不断努力，我们认为在不久的将来，环保厕所将走进每一个家庭，为资源节约和生态保护作出自己应有的贡献。
